中医药是中华民族的伟大创造，为中华民族繁衍生息作出了巨大贡献，对世界文明进步产生了积极影响。党的十八大以来，随着“大健康”理念的提出，医药卫生体制改革从“以治病为中心”转向“以人民健康为中心”，中医药上升到国家经济社会的重大战略决策层面。当前，我国中医药发展不平衡不充分的问题仍然突出，需进一步健全符合中医药特点的政策体系。税收作为重要的政策工具，嵌入中医药生产经营的整个链条，是中医药政策体系的重要组成部分。但是，现行针对中医药的税收优惠政策散见于农业产品、高新技术、西部大开发等方面，尚无系统性的专项税收优惠政策，相关的全链条税收政策研究仍为空白。充分发挥税收职能作用促进中医药高质量发展，对推进健康中国建设和助力中医药融入双循环新发展格局意义重大。为此，本文对中医药生产经营全链条进行了全面调查，从产业链、供应链、价值链等方面调研并评估了现有中医药税收政策的运行效果，对中医药全链条税收政策潜在风险和问题进行剖析，并基于全税种思维提出了促进我国中医药高质量发展的税收政策建议。

　　一、中医药全链条税收政策适用情况

　　中医药生产经营全链条包括农业、工业、商业、外贸、研发创新等环节，主要涉及增值税、企业所得税、个人所得税的政策适用。

　　(一)农业环节适用的税收政策

　　农业环节包括中药材种植养殖、初加工和炮制、销售流通等细分环节，纳入农业产品管理范围。这些细分环节主要涉及增值税、企业所得税以及个人所得税。

　　1.增值税。根据《增值税暂行条例》第十五条、《增值税暂行条例实施细则》第三十五条、《财政部 国家税务总局关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》(财税字[1995]52号)第一条及附件等规定，除农业生产者销售的自产农业产品免征增值税外，销售外购的农业产品或外购加工后农产品应征收增值税。目前，销售农业初加工产品和深加工产品分别适用9%和13%的增值税税率。

　　2.企业所得税。根据《企业所得税法》《企业所得税法实施条例》《财政部 国家税务总局关于发布享受企业所得税优惠政策的农产品初加工范围(试行)的通知》(财税[2008]149号)等法律法规，自2008年1月1日起，对包含“药用植物初加工”在内的农产品初加工，执行免征企业所得税政策。

　　3.个人所得税。根据《财政部 国家税务总局关于农村税费改革试点地区有关个人所得税问题的通知》(财税[2004]30号)，对个人或者个体户从事中药材种植或养殖取得的所得暂不征收个人所得税。

　　(二)工业环节适用的税收政策

　　工业环节包括中成药生产和销售等细分环节，是衔接中医药产业链条上游、下游的关键环节，主要涉及增值税和企业所得税。

　　1.增值税。目前，中成药生产企业购进环节的增值税进项税额分为购进原材料按照13%的税率计算进项税额，以及购进用于生产或者委托加工成适用13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。中成药销售环节的增值税税率则为13%。

　　2.企业所得税。企业所得税主要体现在药企销售费用的税前扣除方面，具体规定包括：商品销售涉及商业折扣的，应当按照扣除商业折扣后的金额确定销售商品收入金额;手续费及佣金，按金额的5%计算限额扣除，支付的手续费及佣金不得直接冲减服务协议或合同金额，并根据依法取得的合法真实凭证如实入账;对医药制造企业发生的广告费和业务宣传费支出，不超过当年销售(营业)收入30%的部分准予扣除，超过部分准予在以后纳税年度结转扣除。

　　(三)商业环节适用的税收政策

　　商业环节主要指中医药医疗服务活动，是指医疗服务机构对患者进行检查、诊断、治疗、康复和提供预防保健、接生等方面的服务，以及与这些服务有关的提供药品、医用医疗器具、救护车、病房住宿和伙食的业务。该环节主要涉及增值税、企业所得税和个人所得税。

　　1.增值税。根据《财政部 国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》(财税[2000]42号)，非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收;其自产自用的制剂，免征增值税。营利性医疗机构取得收入，按规定征收各项税收，对将收入直接用于改善医疗卫生条件的，自取得执业登记之日起，3年内给予下列优惠：对其取得的医疗服务收入免征营业税(现为增值税)，对其自产自用的制剂免征增值税，等等。

　　2.企业所得税。对于非营利性医疗机构从事非医疗服务取得的收入，如用于改善医疗卫生服务条件，经税务部门审批后可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。营利性机构应按规定征收企业所得税。

　　3.个人所得税。医疗机构为自然人合伙或个人的，按个人所得税的有关规定征收个人所得税。

　　(四)外贸环节适用的税收政策

　　外贸环节即中医药国际贸易环节，主要包括中药材、中药饮片、中成药的出口贸易和中医药的境外服务等内容。该环节主要涉及增值税。比如：跨境应税行为适用增值税零税率和免税政策的规定，在境外提供的教育医疗服务免征增值税，中药饮片、中成药出口按规定实行免抵退税政策，等等。

　　(五)研发创新环节适用的税收政策

　　中医药研发和创新能力是中医药企业核心竞争力的体现，也是实现中医药科学化、现代化、国际化的关键。该环节主要涉及企业所得税。

　　1.企业研发费用加计扣除政策。《财政部 税务总局关于进一步完善研发费用税前加计扣除政策的公告》(财政部 税务总局公告2023年第7号)第一条规定：“企业开展研发活动中实际发生的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按规定据实扣除的基础上，自2023年1月1日起，再按照实际发生额的100%在税前加计扣除;形成无形资产的，自2023年1月1日起，按照无形资产成本的200%在税前摊销。”

　　2.高新技术企业税收优惠政策。《企业所得税法》第二十八条规定：“国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税。”高新技术企业的认定具体执行《高新技术企业认定管理办法》(国科发火[2016]32号)的有关规定。

　　二、中医药全链条税收政策存在问题剖析

　　(一)中医药基本运营模式及涉税风险点

　　中医药生产经营主要有两种不同的运行模式：一种是“农户(合作社)+公司+药企+终端”模式，另一种是“农户(公司、合作社)+专业批发市场+药企+终端”模式。不同模式下中医药全链条各环节、各主体相关价值的形成与分配，是增值税抵扣链、所得税扣除链运行的内在动因和依据。

　　1.“农户(合作社)+公司+药企+终端”模式的涉税风险。该模式主要以药材产地为纽带、以制药企业为主导，围绕中药材种植、采收、转运、收购等环节，对制药企业、药材收购方和药材种植方的生产经营活动进行统筹谋划。具体可分为两种情况。

　　第一种情况是农户(合作社)适用“农业生产者自产自销农产品”，向药材收购公司自开或者代开增值税免税发票;药材收购公司向制药企业销售原材料并开具发票;制药企业制造销售中成药并开具增值税发票到流通终端(医院、医药物流企业、药店等)。此情形下，农户(合作社)在销售环节免征增值税、企业所得税;药材收购公司凭票按9%的税率抵扣增值税进项税额，按票面金额列支成本;制药企业凭票按10%的税率抵扣增值税进项税额，按票面金额列支成本。

　　第二种情况是药材收购公司申请认定为农产品收购企业，向农户(合作社)收购农产品并自开农产品收购发票，同时销售农产品给制药企业并开具发票;制药企业开具增值税发票到流通终端(医院、医药物流企业、药店等)。此情形下，药材收购公司开具自开自抵农产品收购发票，按照收购发票金额列支成本，制药企业凭票按10%的税率抵扣增值税进项税额，按票面金额列支成本。

　　该模式的上述两种情况，均存在药材收购公司虚开增值税发票虚列收入、凭上游发票虚列成本税前扣除的风险，极易引发少缴增值税、企业所得税。传导至制药企业，则存在收受虚开的农产品收购发票而少缴增值税的风险、虚列成本或套取现金而少缴企业所得税的风险。

　　2.“农户(公司、合作社)+专业批发市场+药企+终端”模式的涉税风险。该模式以流通市场为中心，农户(公司、合作社)和制药企业作为供需双方进入市场，完成中药材的销售、转运、采购等环节。该模式的涉税风险与第一种模式的风险点基本一致，主要区别在专业批发市场这一环节。相对于全国大部分地区而言，专业批发市场大多在省外，本地税务机关若想确定其虚开、虚列行为，存在一定的征管难度和取证困难。

　　(二)中医药全链条各环节税收政策适用问题

　　中医药全链条税收政策适用问题分别按农业、工业、商业、外贸等四个环节进行归纳分析，研发创新活动贯穿其中，所涉及的相关政策适用问题也分别在其对应的环节当中进行分析。

　　1.农业环节税收政策存在的问题。

　　(1)增值税。一是增值税抵扣链条中断。中医药原材料生产销售环节，农业生产者自产自销农产品免征增值税，从事中药材种植销售的纳税人应开具免税发票，无销项税额。纳税人为满足生产需要购进的水电、种植设备、厂房等的进项税额只能计入成本，无法抵扣，纳税人实际上负担了增值税进项税额，不符合增值税设计原理。二是药食同源农产品适用税率不合理。药食同源产品已成为中医药发展新的增长点，目前适用13%的增值税税率，而中药材初加工适用9%的增值税低税率，税率差达4%，不利于中医药整体的创新和发展。

　　(2)企业所得税。已有税收政策与行业政策标准不统一。对照《国家中药饮片炮制规范》列举的4大类别、20种主要方法以及47种详细炮制说明等规定，财税[2008]149号文件规定药用植物初加工范围所列举的加工处理方法大部分属于其中之一的“净制”，只包含中药饮片炮制最基础的方法。

　　(3)征收管理。根据现行规定，农产品收购单位在向农业生产者个人收购免税农产品时，可以由付款方向收款方开具农产品收购发票，并计算抵扣进项税额。长期以来，中成药生产企业取得的进项发票种类繁多，自开自抵农产品收购发票管理混乱，虚开虚抵频发，税收征管难度大。

　　2.工业环节税收政策存在的问题。

　　(1)增值税。进项税额抵扣政策差异导致税负不平衡。中成药制造销售过程中，中成药制造企业购进化学辅料按照13%的税率计算进项税额，购进农产品进项税额扣除率为10%。销售中成药统一适用13%税率，购进农产品用于生产进销项税率差为3%。

　　(2)企业所得税。一是高新技术企业认定标准与中医药发展特点适配度不高。研发投入会占用大量企业现金，导致许多企业研发投入占比达不到高新技术企业的认定要求。企业倾向于用调整营收结构，保持高新技术产品销售收入占比，以便持续享受高新技术企业的优惠税率，长期上看会降低企业持续开发高新技术产品的动力。二是高新技术企业税收优惠政策门槛过高。因此，中医药企业难以全部达到可享受税收优惠政策的认定标准。在同等优惠条件下，中医药企业倾向于选择适用标准更低的其他优惠政策，比如西部大开发税收优惠政策。三是企业倾向选择将研发费用作费用化处理。现有研发费用加计扣除政策有资本化和费用化两种处理方式，因费用化更有利于收回投入，故纳税人会倾向于选择费用化处理，即在实际发生的年度直接予以加计扣除，减少当期应纳税所得额，但是这样的处理方式不利于企业积极推动成果转化。四是委托外部研发环节费用加计扣除力度不足。由于新药临床试验普遍委托医疗机构完成，受托方特别是非营利性机构在该环节并不产生利润，委托方的委托费用根据现行规定只按80%比例计算加计扣除，减少了激励创新的税收优惠力度。

　　3.商业环节税收政策存在的问题。财税[2000]42号文件规定，非营利性医疗机构与营利性医疗机构都应进行纳税申报，并对应税收入和免税收入分别核算。其中，医疗服务收入按机构性质不同给予不同期限增值税免税的政策，非医疗服务收入不论机构性质均属于税收法律法规规范的应税收入。但是，在实务中，营利性医疗机构并不是药品、医疗服务等增值税应税货物或服务的最终消费者，因免税导致抵扣链条中断而在实际上承担购进医疗器械、药品、服务等产品的增值税进项税额不符合增值税设计原理。

　　4.外贸环节税收政策存在的问题。主要是对亟须保护的道地药材、中药饮片等重要原材料资源仍未取消出口免抵退税政策，对进口中成药特别是我国《伤寒论》中提及的经典药方的中医药制成品未设置高税率，不符合中医药高质量发展的要求。

　　三、完善中医药全链条税收政策建议

　　目前，国家对中医药的扶持更多停留在产业政策、财政补贴层面，税收政策则比较零碎分散难以形成有效合力。有研究表明，税收优惠的激励作用要显著优于财政补贴。因此，完善中医药税收优惠政策应基于全税种思维，形成全链条的税收优惠政策和配套制度体系。

　　(一)进一步完善增值税抵扣链条，充分发挥税收中性特征

　　1.建议引入“负增值税”理念，确保中药材种植养殖零税负。通过上文分析可知，虽然从事中药材种植养殖销售的纳税人可免征增值税，但是仍需承担购进水电、设备等生产资料所含的增值税;虽然农产品收购发票采用按照买价直接乘以扣除率计算增值税进项税额的方法，但是受益对象并不是政策想要扶持的目标——种植户、养殖户，免税政策实际效果和政策设计扶持目标错位。为此，建议引入“负增值税”理念，完善农业环节增值税抵扣链条，对从事中药材种植养殖销售的纳税人实行增值税零税率或留抵退税政策，接续被中断的抵扣链条，允许全额退还其负担的增值税进项税额，精准扶持和减轻、免除从事大农业口径的纳税人增值税负担，促进我国中药材种植养殖业向规模化、标准化发展。

　　2.优化中药材由农业环节进入工业环节的税收政策。一是统一中成药生产环节的进项抵扣政策。一方面，建议在中成药生产环节统一按13%税率作进项抵扣，或调整购进农产品扣除率为可加计扣除13%，解决不同原材料进入生产环节增值税税负不一致问题，从而消除中药饮片与中成药制造之间的增值税税率差，减轻纳税人负担，进一步促进制药企业发展。另一方面，建议在全国范围内统一规范对中成药制造企业实行增值税进项税额核定抵扣，有效堵塞农产品收购发票自开自抵方式存在的征管漏洞，解决不同省份间中成药生产企业增值税税负不平衡问题。二是将经认定的药食同源产品列入初级农产品。建议对从事药食同源产品生产、销售的纳税人，其生产工艺符合行业主管部门相关规定的，纳入药食同源产品准入名单目录，认定为初级农产品，适用增值税低税率。

　　(二)进一步完善企业所得税扣除链条，突出强化优惠政策精准导向

　　1.兼顾产业性和区域性税收优惠政策。建议对设在西部地区的中成药制造企业，在享受西部大开发15%优惠税率的基础上，对符合高新技术企业税收优惠条件的再优惠5%，即实行10%的企业所得税优惠税率，进一步加大对中医药企业创新的税收激励力度。

　　2.围绕“疗效”确立以产品为中心的研发创新优惠政策。一是加大鼓励形成研发成果的税收优惠力度。一方面，建议将研发费用加计扣除政策调整为形成无形资产的部分，纳税人可以选择无形资产成本的200%在税前摊销，或是按照无形资产成本确定的当期摊销金额以一定比例形成税额抵免，在企业当年或结转到以后年度的应纳税额中抵免，激励持续、固定地投入同一产品(技术、工艺)的研究开发活动，形成更具竞争力的创新成果;另一方面，建议对企业委托享受免税政策组织的研发，按照委托费用实际发生额的100%在税前加计扣除，促进企业与大学、非营利性医疗机构的专业研发合作。二是调整高新技术企业优惠政策。一方面，建议结合中医药特点，适当放宽高新技术企业的认定标准;另一方面，建议调整高新技术企业税收优惠政策的鼓励导向，突出对成果转化的支持力度，企业生产销售符合条件的高新技术产品且能分别核算的，可按该产品销售收入享受高新技术产品的税收优惠，鼓励发展专精特新中小企业。

　　(三)进一步完善税收政策协同发力措施，不断提升医疗机构服务保障能力

　　1.加大医疗服务从业人员的税收优惠力度。着力扶持中医诊所，特别是在缺医少药的广大农村推广小中医诊所，借鉴“赤脚医生”用最少投入提供最多基本保障的经验。一是对具有行医资格在农村、社区从事中医医疗服务的人员取得的服务收入，免征个人所得税。二是鼓励支持具有行医资质的人员在农村、城市社区创办诊所，从事中医、中西医结合(全科)的医疗保健服务。对于上述执业人员取得的收入(包括药品销售收入)全部纳入“医疗服务收入”，免征增值税。

　　2.改进现有医疗机构税收管理。一是将“医院-病人”最后一个环节纳入增值税抵扣链条进行管征，接续因免税中断的增值税抵扣链条，既能对营利性医疗机构购入设备所含大额增值税给予退还，又能让病人因使用发票而增加免税获得感，打通中医药增值税抵扣链条的“最后一公里”。二是建议明确非营利性医疗机构使用财政票据与增值税发票在企业所得税税前扣除、享受税收优惠政策等方面均具有同等效力。

　　(四)进一步完善进出口税收政策体系，持续助力中医药国际贸易转型升级

　　1.尽快取消中医药原材料出口免税政策。基于我国中药材出口额占比高的特点，建议按照《商务部 科技部关于公布〈中国禁止出口限制出口技术目录〉的公告》(商务部 科技部公告2023年第57号)等文件的规定，调整对出境中药材的免税退税范围，对道地药材和优质、名贵中药材均不再适用出口退税政策，甚至逐年提高其增值税税率。

　　2.渐次提高国外中医药制成品进口税率。基于国外中医药制成品进口额增长较快的特点，建议调高汉方药、韩医药、国外植物药等中医药制成品进口关税，为国内中成药产品的发展与创新提供时间和空间。

　　(五)进一步完善税收政策运行环境，整体健全中医药配套制度体系

　　1.出台支持中医药高质量发展整体配套标准体系。依托中医药主管部门为税收政策精准实施提供基础依据，比如，针对当前评价标准体系与实际疗效不匹配窘境，尽快统一或出台道地药材、经典名方、炮制技艺、中医诊疗方法、中医医院(诊所)、中医药高新技术企业(产品)、中医服务人员认定等方面的部门规范、标准、目录、方法等，同时完善道地药材原产地认证(地理标志认证)、中医药传统工艺认证制度。

　　2.出台专项管理措施支持中医药提升内外竞争力。依托行业管理为税收优惠政策的制定和实施提供配套措施。比如：对标美国、欧盟等药物注册审批程序，建立特殊评审通道，为中医药进入国际市场提供便捷通道，保持参与国际竞争优势;根据中医药传承规律，按照传统方法改革现行中医药院校培养方式，培养真正的中医医生和中药师;改进医保制度，在医疗服务中平等对待西医和中医、西药和中药;调整《药典》编撰方法，使之更加符合中医药特色和发展规律。