近日，国家税务总局连续发布《关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第45号）和《关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》（国家税务总局公告2020年第1号），对增值税一般纳税人扣税凭证确认用途和办理抵扣及丢失处理等问题实施了新规则。总的来看，取消期限限制、减少抵扣或退税确认步骤、减少丢失专票手续。
一、取消增值税扣税凭证认证确认期限
1.自2020年3月1日起，增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书（简称海关缴款书）、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票，取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限。通俗地讲，就是不再受360天期限的困扰，逾期增值税扣税凭证、未按期申报抵扣增值税扣税凭证按照时间界限，逐步成为历史概念。
2.需要注意，按照时间分界点，取得2016年12月31日及以前开具的增值税专用发票、海关缴款书、机动车销售统一发票，仍按照原规定执行。因此，纳税人应注意及时清理处理好时间分界点之前的抵扣凭证。
3.对于时间分界点之后的，部分扣税凭证虽然目前可能已经超期，如果需要扣税，仍需按照现行办理手续，才能扣税，但在新规则实施之后，则可以直接进行用途确认后办理抵扣、出口退税或代办退税。
二、启用增值税发票综合服务平台进行用途确认
1.自2020年1月8日起，税务总局将增值税发票选择确认平台升级为增值税发票综合服务平台，为纳税人提供发票用途确认、风险提示、信息下载等服务。纳税人取得增值税专用发票、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票后，如需用于申报抵扣增值税进项税额或申请出口退税、代办退税，应当登录各省税务局确定并公布的增值税发票综合服务平台确认发票用途，用于相关事项的办理。
2.海关缴款书因其存在海关与税总的信息传输及单位抬头的特殊性，规则略有不同。自2020年2月1日起，增值税一般纳税人取得海关缴款书后如需申报抵扣或出口退税，按以下方式处理：
（1）取得仅注明一个缴款单位信息的海关缴款书（即俗称单抬头缴款书）的，应当登录服务平台查询、选择用于申报抵扣或出口退税、代办退税的海关缴款书信息。对于查询到信息与实际情况不一致或未查询到对应信息的，应当上传海关缴款书信息，经系统稽核比对相符后，纳税人登录选择确认平台查询、选择用于申报抵扣或出口退税、代办退税的海关缴款书信息。
（2）取得注明两个缴款单位信息的海关缴款书（即俗称双抬头缴款书），应当上传海关缴款书信息，经系统稽核比对相符后，纳税人登录选择确认平台查询、选择用于申报抵扣或出口退税、代办退税的海关缴款书信息。
因此，海关缴款书存在单抬头或有、双抬头必然的上传信息环节，纳税人在实务中应当注意。对于稽核比对结果为不符、缺联、重号、滞留的异常海关缴款书的，则按规定的方式处理。
三、纳税人抵扣、退税的用途确认操作
1.新规则对扣税凭证信息用于申报抵扣增值税进项税额的，需在服务平台进行用途确认后，进行增值税纳税申报。对用于出口退税、代办退税的，也进行相应的用途确认后办理相关事项。因此，纳税人对于三种用途需要注意确认，特别是对于同一扣税凭证上的不同用途项目可以分别确认用途的正确使用。
2.在办理纳税申报或退税申报之前，或者可以作废申报之后，发现选择错误或者用途改变以及已经选择但又暂不需要选择的，可以自行调整用途确认。
3.对于暂不能确认以后是否用于抵扣的凭证信息，建议可以暂不作选择，一旦改变用途用于抵扣项目时，可以进行用途确认抵扣；当然，对于明确用于不抵扣的凭证信息，可以选择不抵扣用途，有效减少供选择用途的历史信息，便于形成太多宕余信息。
四、用途改变的处理
1.纳税人已经申报抵扣的发票，如改用于出口退税或代办退税，应当向主管税务机关提出申请，由主管税务机关核实情况并调整用途。
2.纳税人已经确认用途为申请出口退税或代办退税的发票，如改用于申报抵扣，应当向主管税务机关提出申请，经主管税务机关核实该发票尚未申报出口退税，并将发票电子信息回退后，由纳税人调整用途。
五、丢失扣税凭证处理
1.纳税人同时丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联和抵扣联，不再需要办理《丢失增值税专用发票已报税证明单》，可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。税务机关检查人员看到这类发票时，可以通过发票系统查询发票开具信息。
2.纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的抵扣联，可凭相应发票的发票联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证。
3.纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联，可凭相应发票的抵扣联复印件，作为记账凭证。
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