10月上旬，2026年国际（亳州）中医药博览会暨全国（亳州）中药材交易会落幕，千余家国内外药企参会。作为「中华药都」，亳州现有中医药经营主体超1.2万户。中医药企业业务形态多元，种植、加工、研发、销售各环节税收政策差异大，容易产生各类涉税风险。

一、源头环节：规范开具农产品收购发票。药企收购的中药材大多来自农户种植，收购环节涉及农产品收购发票开具、进项税额抵扣等业务，容易出现发票开具不规范、成本归集混乱等问题。规范做法是核对药材售卖方身份信息、药材品类、数量等要素，建立收购台账，实现来源可溯；同时可将种植养殖数据与农产品收购发票数据交叉比对，前置化解风险。对票货分离、虚增收购数量以多抵进项的行为，属于重点查处情形。

二、自产环节：用足免税政策，同时补齐内部凭证。药企自有种植基地的，作为农业生产者销售自产中药材，依法可享受自产农产品免征增值税、种植及初加工所得免征企业所得税等政策。但企业将基地药材移送加工厂时，容易出现只移送实物、不留存内部凭证的情况，造成种植成本不清晰、享受政策缺乏依据。应建立种植辅助账，单独归集地块、地租、品种、产量等信息，移送时同步附上内部移库单、批次号、质检单等，形成完整内部凭证链。

三、加工环节：厘清初加工与精深加工的边界。初加工与精深加工在增值税、企业所得税上适用不同政策，实务中易出现边界模糊、错误适用优惠的问题。企业应以工艺流程、产品形态、执行标准为依据判断加工深度，对同时存在初加工和精深加工业务的分开核算，避免将精深加工产品按初加工申报免税。

四、销售环节：区分内销与跨境。产品销往境外的，应按规定办理出口退（免）税备案，准确适用退税率；同时注意中药材出口涉及检验检疫、濒危物种管理等非税监管要求，单证不齐将直接影响退税。对跨境电商等新业态，还应关注零售出口免税、企业所得税核定征收等政策的适用条件。

五、常态化自查建议。企业可定期开展「税务体检」，围绕收购凭证、成本归集、优惠适用、发票开具四条主线自查：收购发票与入库单、付款记录是否匹配；成本是否按品类、批次归集；免税与应税业务是否分别核算；开票品目与实际交易是否一致。对发现的问题主动更正申报，可有效降低被认定为偷税的风险。