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1832 自1994年我国现行税制总体建立以来，对于增值税进项税额抵扣权的实现一直是税务机关和纳税人关注的重点。抵扣权体现了纳税人的财产利益，抵扣权的实现影响了纳税人的现实利益和长远利益。但是税务机关对于抵扣权的实现却借助扣税凭证这个载体进行了限制。
《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发〔2003〕第17号）第一条规定：增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。后来这一时间要求被逐渐提高到360天。其第二条还规定：增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。第二条的规定将于2020年3月日起正式废止。
超过期限的增值税扣税凭证通常无法获得抵扣，个别企业期间有过特别处理的案例。国家税务局系统税收征管情况审计结果2011年34号曾经披露，国家税务总局个别司2009年至2010年，以非正式公文“司便函”的形式，批准企业对超过认证期限的增值税发票进项税额17.29亿元予以抵扣。审计署的相关检查在某种意义上触动甚至刺激了税务机关，规范执法得到了足够的重视。国家税务总局先后发布《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》(2011年第50号，2017年第36号、2018年第31号修改)、《关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告》（2011年第78号，2018年第31号修改）规范认证确认、申报抵扣等期限管理，给确实因为客观原因导致抵扣权受限的纳税人一线生机。
但是，上述逾期问题一直存在。增值税暂行条例虽然历次修改，始终强调纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。条例对国务院税务主管部门的授权很大，但是并未直接提及税务主管部门可以进行期限限制。部分纳税人诟病之处在于抵扣权实际上是纳税人的合法财产利益，在增值税暂行条例并未限制认证确认、申报抵扣等期限的情况下，国务院税务主管部门是否有权对纳税人的利益权限进行限制，阻却纳税人合法财产利益的实现。
2019年12月31日发布的《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》(国家税务总局公告2019年第45号)正式取消了增值税扣税凭证认证确认、稽核比对、申报抵扣三项期限要求。增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票，取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限。纳税人在进行增值税纳税申报时，应当通过本省增值税发票综合服务平台对上述扣税凭证信息进行用途确认。
举例来说，2017年5月，天马公司从国内其他企业采购机器设备，发票开具日期为2017年5月21日，取得的增值税专用发票注明税额为17万元。由于会计人员的主管失误，2017年6月12日认证确认后没有在次月申报期内申报抵扣。按照当时的抵扣政策，也就是国家税务总局公告2011年第78号规定，必须符合特定的客观原因才可以逾期抵扣，因此这10万元一直没有机会抵扣。但是公司财务人员一直坚持不抛弃、不放弃，等待税务总局政策的松动。从2020年3月1日起，增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票，取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限。新的规定没有所谓客观原因的限制条件，因此这份发票可以在2020年3月1日以后按照税总45号公告进行申报抵扣。
需要说明的是，纳入旅客运输服务抵扣的增值税电子普通发票本身就没有期限限制，不适用上述政策。纳税人从境外单位或者个人购进服务、无形资产或者不动产，自税务机关或者扣缴义务人取得的解缴税款的完税凭证上注明的增值税额进行抵扣的，本身也没有期限限制，不适用上述政策。
另外需要注意的是增值税一般纳税人取得2016年12月31日及以前开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票，超过认证确认、稽核比对、申报抵扣期限，但符合规定条件的，仍可原来的文件规定，继续抵扣进项税额。
我们认为，国家税务总局2019年45号公告的颁布施行，解决了增值税扣税凭证管理的重大瓶颈，充分保障了增值税一般纳税人的抵扣权益，实现了政策制度的重大突破，也是增值税管理制度的巨大进步。
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