近日，中国证监会发布了《上市公司2024年年度财务报告会计监管报告》，研发支出是证券监管关注的重点事项之一。从公开披露的信息看，不少企业收到政府直接拨付的研发补助资金后，存在税务处理问题。比如，芯密科技2025年6月16日发布公告，公司于2021年—2023年共计收到科研项目政府补助2250万元，公司基于当时对税收法规的理解，将收到的政府补助款作为不征税收入处理。2024年，经与主管税务机关沟通，公司基于谨慎性原则调整了对收到的科研项目政府补助款作为不征税收入的认定，并于当期补缴了企业所得税，产生滞纳金25.10万元。这个案例提醒相关企业，在处理研发补助资金时，需要审慎考量多方面因素，在防范税务风险的基础上，合规享受税收优惠。

　　不征税收入用于支出形成的费用，不得加计扣除

　　2024年，A公司收到政府补助资金100万元，专项用于某工艺技改项目。该公司当年共发生自主研发支出400万元(包含政府补助资金)，并已全部费用化，企业发生的所有研发支出均属于可加计扣除的范围。

　　假设企业取得的研发补助资金符合不征税收入条件。根据企业所得税法实施条例、《财政部 国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》(财税[2011]70号)等规定，不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除;用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。同时，根据《国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》(国家税务总局公告2015年第97号)规定，此类费用或折旧、摊销也不能加计扣除。因此，A公司用于研发项目的政府补助资金100万元，不能在税前扣除，也不能适用研发费用加计扣除政策，A公司在企业所得税年度汇算清缴时，须进行纳税调整。

　　根据A公司的不同会计处理方法，在企业所得税纳税调整时可分为两种情况。其中，当A公司对政府补助资金采用“总额法”进行核算时，企业在会计处理上将实际发生的支出计入研发费用，同时将取得的政府补助资金确认为收入。由于A公司取得的政府补助资金属于不征税收入，A公司在纳税调整时，需对当期计入损益的不征税收入额进行纳税调减。同时，A公司需对不征税收入用于支出所形成的费用进行纳税调增。在申报研发费用加计扣除时，A公司应按会计上确认的研发费用减去上述纳税调增部分，作为加计扣除的基数。

　　在实务操作中，A公司应在《专项用途财政性资金纳税调整明细表》(A105040)第6行第2列“财政性资金”栏次、第3列“金额”栏次、第4列“其中：计入本年损益的金额”栏次，均填入100万元;在第6行第10列“支出金额”栏次、第11列“其中：费用化支出金额”栏次，也填入100万元。以上数据会自动同步到《纳税调整项目明细表》(A105000)第9行第4列和第25行第3列，最终实现不征税收入纳税调减100万元，不征税收入用于支出所形成的费用纳税调增100万元。在申报研发费用加计扣除时，A公司填报的《研发费用加计扣除优惠明细表》(A107012)第41行“本年费用化金额”栏次金额，应为企业研发支出扣减调增金额后的余额，即400-100=300(万元)。

　　若A公司对政府补助资金采用“净额法”核算，在企业会计处理上，应将收到的政府补助资金冲减研发费用，即政府补助资金最终没有体现在当期收入和成本费用中。在这种情况下，税会处理口径一致，不涉及纳税调整，A公司可按会计处理上已冲减的研发费用金额，确认企业研发费用并加计扣除。

　　不符合不征税收入条件或按应税收入处理，可加计扣除

　　2024年，B公司收到政府补助资金200万元，专项用于某研发项目。该公司当年共发生自主研发支出400万元(包含政府补助资金)，并已全部费用化，企业发生的所有研发支出均属于可加计扣除的范围。假设B公司取得的研发补助资金不符合不征税收入条件，或虽然可以满足不征税收入条件，但B公司选择按应税收入作企业所得税处理。

　　在此种情形下，B公司在会计处理上依然有“总额法”和“净额法”两种方式，在不同的会计处理方式下，企业需注意企业所得税年度汇算清缴时的纳税调整有所区别。在“总额法”下，B公司的会计处理是以实际发生的支出作为研发费用核算，同时将收到的政府补助资金确认为收入。根据财税〔2011〕70号文件规定，计入应税收入总额的财政性资金发生的支出，允许在计算应纳税所得额时扣除。B公司可按会计上确认的研发费用400万元进行税前扣除及加计扣除。

　　在“净额法”下，B公司会计处理是以收到的政府补助资金直接冲减企业研发费用，此时企业在纳税申报时需格外注意。根据《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》(国家税务总局2017年第40号)、《研发费用加计扣除政策执行指引(2.0版)》等规定，企业在税收上将政府补助确认为应税收入，同时增加研发费用，加计扣除应以税前扣除的研发费用为基数。企业未进行相应调整的，税前扣除的研发费用与会计的扣除金额相同，应以会计上冲减后的余额计算加计扣除金额。

　　案例中，B公司在税收上将政府补助资金确认为应税收入，如果同时进行收入调增和成本费用调增，其在计算可加计扣除的研发费用时，按冲减前的余额400万元作为扣除基数。实务操作中，B公司需要将政府补助资金200万元，通过《未按权责发生制确认收入纳税调整明细表》(A105020)进行纳税调增;将会计上已冲减的研发费用200万元，通过《纳税调整项目明细表》(A105000)或《职工薪酬支出及纳税调整明细表》(A105050)等附表进行纳税调减。

　　B公司如果未对研发补助和支出事项进行纳税调整，加计扣除的金额应以会计上冲减后的余额为基数计算，存在未充分享受加计扣除优惠的税务风险。笔者提醒，当企业取得的政府补助资金属于应税收入，为避免进行纳税调整，防范未充分享受税收优惠风险，建议企业会计处理采用“总额法”核算。