长期股权投资权益法核算下，增加投资转成成本法核算，如果属于同一控制下的业务，则按被投资单位净资产对应的投资份额，确认为成本法下长期股权投资的成本；如果属于非同一控制下的业务，则以转换时按权益法核算的长期股权投资账面的成本，加上新增的成本作为成本法下长期股权投资的成本。

企业所得税法实施细则：第四十一条　企业拨缴的工会经费，不超过工资薪金总额2%的部分，准予扣除。所以，工会经费是以工资总额为基数计提。工资总额不包括福利费和社保。

企业会计准则-固定资产应用指南：已达到预定可使用状态但尚未办理竣工决算的固定资产，应当按照估计价值确定其成本，并计提折旧；待办理竣工决算后，再按实际成本调整原来的暂估价值，但不需要调整原已计提的折旧额。国税函[2010]79号五、关于固定资产投入使用后计税基础确定问题企业固定资产投入使用后，由于工程款项尚未结清未取得全额发票的，可暂按合同规定的金额计入固定资产计税基础计提折旧，待发票取得后进行调整。但该项调整应在固定资产投入使用后12个月内进行。

　　所以固定资产暂估转固定资产后，12个月内取得发票的，按发票金额调整固定资产原值，会计上按调整后原值减去已折旧金额重新按剩余年限折旧；企业所得税当年申报时，可扣除的折旧额为按视同转固时即取得发票、以发票金额计算的折旧额，所以第1年可以会产生税会差异。转固定资产12个月后取得增值税发票的，企业所得税上折旧也不再调整，按会计的处理扣除，不会产生税会差异。

根据国家税务总局公告2016年第23号 四、增值税发票开具 （二）按照现行政策规定适用差额征税办法缴纳增值税，且不得全额开具增值税发票的（财政部、税务总局另有规定的除外），纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，通过新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额（或含税评估额）和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印“差额征税”字样，发票开具不应与其他应税行为混开。

　　（六）个人出租住房适用优惠政策减按1.5%征收，纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，通过新系统中征收率减按1.5%征收开票功能，录入含税销售额，系统自动计算税额和不含税金额，发票开具不应与其他应税行为混开。 

　　不属于以上行为的，可以开具在一张发票上。

财税[2016]36号附件1 第二十七条 下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：（一）用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。

    　第三十四条 简易计税方法的应纳税额，是指按照销售额和增值税征收率计算的增值税额，不得抵扣进项税额。应纳税额计算公式：应纳税额=销售额×征收率

国家税务总局公告2017年第11号第二条规定，建筑企业与发包方签订建筑合同后，以内部授权或者三方协议等方式，授权集团内其他纳税人（以下称"第三方"）为发包方提供建筑服务，并由第三方直接与发包方结算工程款的，由第三方缴纳增值税并向发包方开具增值税发票，与发包方签订建筑合同的建筑企业不缴纳增值税。发包方可凭实际提供建筑服务的纳税人开具的增值税专用发票抵扣进项税额。

　　因此，您说的情况甲方收到分公司的发票可以抵扣进项税。

依据国家税务总局公告2017年第11号规定，纳税人2016年5月1日前发生的营业税涉税业务，需要补开发票的，可于2017年12月31日前开具增值税普通发票（税务总局另有规定的除外）。

用农产品进项税金核定扣除方法缴纳增值税的企业，按投入产出法计算的成本与企业账务成本不一致时，按企业实际发生的（账务）成本税前扣除。

《企业所得税法实施条例》第七十一条　企业在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。

　　投资资产按照以下方法确定成本：（一）通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本；（二）通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。

　　因此，企业（股东）在投资未到位前发生的股权转让，其投资成本按照实际出资额确定。

违约金是合同一方当事人不履行合同或者履行合同不符合约定时，由违约的一方对另一方当事人支付的用于赔偿损失的金额。依据《企业所得税法》第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。因此，属于增值税价外费用范围的违约金可凭发票、当事双方签订的合同协议在税前扣除；不属于增值税应税范围的违约金可凭当事双方签订的合同协议、支付凭证（即银行划款凭证或生效的法律文书）、收款方开具的收款凭证在税前扣除。

　国家税务总局公告2016年第69号规定，纳税人提供建筑服务，被工程发包方从应支付的工程款中扣押的质押金、保证金，未开具发票的，以纳税人实际收到质押金、保证金的当天为纳税义务发生时间。

依据财税[2016]36号附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第十四条第二款规定，视同销售不动产的范围是："单位或者个人向其他单位或者个人无偿转让无形资产或者不动产，但用于公益事业或者以社会公众为对象的除外。"房地产开发企业销售精装修房，已在《商品房买卖合同》中注明的装修费用（含装饰、家具、家电等费用），已经包含在房价中，不属于税法中所称的无偿赠送，无需视同销售。

　　如果房地产企业销售不动产时，在房价以外单独无偿提供的货物，应视同销售货物，按货物适用税率征收增值税。例如，为促销举办抽奖活动赠送的家电，应视同销售货物，按货物适用税率征收增值税。

依据财税[2016]47号规定，纳税人以经营租赁方式将土地出租给他人使用，按照不动产经营租赁服务缴纳增值税。

营改增后企业安置残疾人就业，可以按照《财政部 国家税务总局关于促进残疾人就业增值税优惠政策的通知》（财税〔2016〕52号）规定，实行由税务机关按纳税人安置残疾人的人数，限额即征即退增值税。

　　享受税收优惠政策的条件如下：

　　（一）纳税人（除盲人按摩机构外）月安置的残疾人占在职职工人数的比例不低于25%（含25%），并且安置的残疾人人数不少于10人（含10人）；盲人按摩机构月安置的残疾人占在职职工人数的比例不低于25%（含25%），并且安置的残疾人人数不少于5人（含5人）。

　　（二）依法与安置的每位残疾人签订了一年以上（含一年）的劳动合同或服务协议。

　　（三）为安置的每位残疾人按月足额缴纳了基本养老保险、基本医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等社会保险。

　　（四）通过银行等金融机构向安置的每位残疾人，按月支付了不低于纳税人所在区县适用的经省人民政府批准的月最低工资标准的工资。

　　如果企业纳税信用等级为税务机关评定的C级或D级的，不得享受此优惠政策。

　　上述规定的增值税优惠政策仅适用于生产销售货物，提供加工、修理修配劳务，以及提供营改增现代服务和生活服务税目（不含文化体育服务和娱乐服务）范围的服务取得的收入之和，占其增值税收入的比例达到50%的纳税人，但不适用于上述纳税人直接销售外购货物（包括商品批发和零售）以及销售委托加工的货物取得的收入。

　　纳税人应当分别核算上述享受税收优惠政策和不得享受税收优惠政策业务的销售额，不能分别核算的，不得享受规定的优惠政策。

国税发[2003]89号：二、关于确定房产税、城镇土地使用税纳税义务发生时间问题（一）购置新建商品房，自房屋交付使用之次月起计征房产税和城镇土地使用税。

　　（二）购置存量房，自办理房屋权属转移、变更登记手续，房地产权属登记机关签发房屋权属证书之次月起计征房产税和城镇土地使用税。

　　（三）出租、出借房产，自交付出租、出借房产之次月起计征房产税和城镇土地使用税。

　　（四）房地产开发企业自用、出租、出借本企业建造的商品房，自房屋使用或交付之次月起计征房产税和城镇土地使用税。

　　 所以您公司的房产应于2014年11月开始计缴房产税。

根据国家税务总局公告2012年第55号：一、增值税一般纳税人（以下称“原纳税人”）在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人（以下称“新纳税人”），并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。

财税[2005]181号：二、3.对于与地上房屋相连的地下建筑，如房屋的地下室、地下停车场、商场的地下部分等，应将地下部分与地上房屋视为一个整体，按照地上房屋建筑的有关规定计算征收房产税。  三、出租的地下建筑，按照出租地上房屋建筑的有关规定计算征收房产税。

　　所以您公司商铺的地下车位要并入商铺一起交房产税。没有出租的，按计税余值交房产税，出租的按租金收入交房产税。

国家税务总局公告2011年第15号：六、关于以前年度发生应扣未扣支出的税务处理问题根据《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定，对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。  

　　所以您公司收到的2014年和2015年报账的发票，当年没有在企业所得税税前扣除的，可以通过专项申报的方式分别追补在2014年和2015年的应纳税所得额中扣除。

您外购的办公楼，购入时的房价中是包含有地价的，所以按房产的入账价值缴纳房产税。

根据国家税务总局公告2011年第25号公告，第五条企业发生的资产损失，应按规定的程序和要求向主管税务机关申报后方能在税前扣除。未经申报的损失，不得在税前扣除。

　　固定资产使用到期报废的损失，应当按清单申报的方式在企业所得税税前扣除。目前清单申报的资产损失通过填写年报表A105090进行申报。