如果贵公司有真实采购业务的，符合善意取得发票条件的。
根据国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复国税函〔2007〕1240号你局《关于纳税人善意取得增值税专用发票和其他抵扣凭证追缴税款是否加收滞纳金的请示》（粤国税发[2007]188号）收悉。经研究，批复如下：    根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[2000]187号）规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票指购货方与销售方存在真实交易，且购货方不知取得的增值税专用发票是以非法手段获得的。纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款；如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款。
    纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。

1.增值税做进项税额转出 
借：在建工程（转固的计入固定资产）
贷：应交税费-应交增值税-进项税额转出。
 
补提折旧部分通过以前年度损益调整处理，转未分配利润以及盈余公积。
所得税调整
根据国税总局关于发布《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的公告 国家税务总局公告2018年第28号
第十二条
企业取得私自印制、伪造、变造、作废、开票方非法取得、虚开（失联走逃）、填写不规范等不符合规定的发票（以下简称不合规发票），以及取得不符合国家法律、法规等相关规定的其他外部凭证（以下简称不合规其他外部凭证），不得作为税前扣除凭证。
第十三条
企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。
第十四条
企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除：
（一）无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料（包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料）；
（二）相关业务活动的合同或者协议；
（三）采用非现金方式支付的付款凭证； （并非现金支付不能抵扣）
（四）货物运输的证明资料；
（五）货物入库、出库内部凭证；
（六）企业会计核算记录以及其他资料。
前款第一项至第三项为必备资料。

贵公司符合上述条件并能拿出上述资料的，可以依据上述文件，与税务局进行沟通所得税调整事项。
沟通结果依旧是调整补税的。通过以前年度损益调整科目进行所得税费用调整。
借：以前年度损益调整
贷：应交税费-应交所得税
借：利润分配-未分配利润（期初）
      盈余公积
贷：以前年度损益调整
并调整对应年度报表。