参考《财政部 税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知 》（财税〔2017〕90号）规定，自2018年1月1日起，纳税人为客户办理退票而向客户收取的退票费、手续费等收入，按照“其他现代服务”缴纳增值税。

因此，代理公司收取的退票费应该给贵公司开具发票。

参考财税[2015]119号和总局2015年97号公告规定：

　　其他相关费用限额＝119号第一条第一项允许加计扣除的研发费用中的第1项至第5项的费用之和×10％/(1-10%)

参考《代理记账管理办法》规定的第四条， 符合下列条件的机构可以申请代理记账资格：

（一）为依法设立的企业；

（二）持有会计从业资格证书的专职从业人员不少于3名；

（三）主管代理记账业务的负责人具有会计师以上专业技术职务资格且为专职从业人员；

（四）有健全的代理记账业务内部规范。

第五条 申请代理记账资格的机构，应当向所在地的审批机关提交申请报告并附送下列材料：

（一）营业执照复印件；

（二）从业人员会计从业资格证书，主管代理记账业务的负责人具备会计师以上专业技术职务资格的证明；

（三）专职从业人员在本机构专职从业的书面承诺；

（四）代理记账业务内部规范。

由于个人独资企业负有无限责任，个人建议您可以设立有限公司。

《中华人民共和国发票管理办法》（中华人民共和国国务院令第587号）第三十五条规定，未加盖发票专用章的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。

根据《国家税务总局关于跨境应税行为免税备案等增值税问题的公告》(国家税务总局公告2017年第30号)第三条规定：其他个人委托房屋中介、住房租赁企业等单位出租不动产，需要向承租方开具增值税发票的，可以由受托单位代其向主管地税机关按规定申请代开增值税发票。

　《环境保护税法》第八条规定：应税大气污染物、水污染物的污染当量值数，以该污染物的排放量除以污染物的污染当量计算。具体计算方法由纳税人根据环境保护主管部门对应税污染物的监测要求，按照《环境保护税法》第十条规定对应的方法计算。

第十条 应税大气污染物、水污染物、固体废物的排放量和噪声的分贝数，按照下列方法和顺序计算：

（一）纳税人安装使用符合国家规定和监测规范的污染物自动监测设备的，按照污染物自动监测数据计算；

（二）纳税人未安装使用污染物自动监测设备的，按照监测机构出具的符合国家有关规定和监测规范的监测数据计算；

（三）因排放污染物种类多等原因不具备监测条件的，按照国务院环境保护主管部门规定的排污系数、物料衡算方法计算；

（四）不能按照本条第一项至第三项规定的方法计算的，按照省、自治区、直辖市人民政府环境保护主管部门规定的抽样测算的方法核定计算。

根据《财政部国家税务总局住房城乡建设部关于调整房地产交易环节契税营业税优惠政策的通知》(财税〔2016〕23号)第一条规定：（一）对个人购买家庭唯一住房（家庭成员范围包括购房人、配偶以及未成年子女，下同），面积为90平方米及以下的，减按1%的税率征收契税；面积为90平方米以上的，减按1.5%的税率征收契税。

根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）的规定：金融商品转让，按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额。转让金融商品出现的正负差，按盈亏相抵后的余额为销售额。若相抵后出现负差，可结转下一纳税期与下期转让金融商品销售额相抵，但年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。金融商品的买入价，可以选择按照加权平均法或者移动加权平均法进行核算，选择后36个月内不得变更。金融商品转让，不得开具增值税专用发票。

根据《企业会计准则第 2 号——长期股权投资》应用指南（2014）：（2）以非企业合并方式形成的长期股权投资。

以支付现金、非现金资产等其他方式取得的长期股权投资，应按现金、非现金货币性资产的公允价值或按照《企业会计准则第 7 号——非货币性资产交换》、《企业会计准则第 12 号——债务重组》的有关规定确定的初始投资成本，借记“长期股权投资”，贷记“银行存款”等科目，贷记“营业外收入”或借记“营业外支出”等处置非现金资产相关的科目。

所以，以支付现金、非现金资产等其他方式（非企业合并）形成的长期股权投资，不区分同一控制还是非同一控制，均比照非同一控制下企业合并形成的长期股权投资的相关规定进行处理。

国家税务总局公告2017年第11号：二、建筑企业与发包方签订建筑合同后，以内部授权或者三方协议等方式，授权集团内其他纳税人（以下称“第三方”）为发包方提供建筑服务，并由第三方直接与发包方结算工程款的，由第三方缴纳增值税并向发包方开具增值税发票，与发包方签订建筑合同的建筑企业不缴纳增值税。发包方可凭实际提供建筑服务的纳税人开具的增值税专用发票抵扣进项税额。

　企业会计准则第4号应用指南：固定资产的更新改造等后续支出，满足本准则第四条确认条件的，应当计入固定资的成本，如有替换部分，应扣除其账面价值。

　　所以原房产的已全部推倒被规换，其净值应当不作为新房产的价值，应当以400万元确认房产改造后的价值。

国家税务总局公告2018年第42号：一般纳税人销售自产机器设备的同时提供安装服务，应分别核算机器设备和安装服务的销售额，安装服务可以按照甲供工程选择适用简易计税方法计税。

　　一般纳税人销售外购机器设备的同时提供安装服务，如果已经按照兼营的有关规定，分别核算机器设备和安装服务的销售额，安装服务可以按照甲供工程选择适用简易计税方法计税。

国家税务总局公告2016年第23号提供建筑服务，纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，应在发票的备注栏注明建筑服务发生地县（市、区）名称及项目名称。

参考《国家税务局关于对借款合同贴花问题的具体规定 》（1988）国税地字第30号 规定：

关于对流动资金周转性借款合同的贴花问题。借贷双方签订的流动资金周转性借款合同，一般按年（期）签订，规定最高限额，借款人在规定的期限和最高限额内随借随还。为此，在签订流动资金周转借款合同时，应按合同规定的最高借款限额计税贴花。以后，只要在限额内随借随还，不再签新合同的，就不另贴印花。

因此，个人意见是按2000万元交印花税。

《国家税务总局关于纳税人既享受增值税即征即退 先征后退政策又享受免抵退税政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2011年第69号）规定，用于增值税即征即退或者先征后退项目的进项税额无法划分的，按照下列公式计算：

无法划分进项税额中用于增值税即征即退或者先征后退项目的部分=当月无法划分的全部进项税额×当月增值税即征即退或者先征后退项目销售额÷当月全部销售额合计

 原则上来说，丢失一般纳税人自行开具的增值税专用发票，涉及《丢失增值税专用发票已报税证明单》的开具，可以由销售方在网上办税服务厅申请办理。

丢失小规模纳税人自行开具的增值税专用发票，可参考一般纳税人申请开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》的处理方式，由销售方登录网上办税服务厅自行申请办理。

丢失小规模纳税人代开的增值税专用发票，《丢失增值税专用发票已报税证明单》须至主管税务机关办税服务厅申请开具。

具体建议咨询当地主管税局。

参考《增值税专用发票使用规定》：同时具有下列情形的，为本规定所称作废条件：

　　1.收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；

　　2.销售方未抄税并且未记账；

　　3.购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。

贵公司已认证，原则上来说，销售方不能选择作废。可以参考《关于红字增值税发票开具有关问题的公告》规定，增值税一般纳税人开具增值税专用发票后，发生开票有误但不符合发票作废条件，通过开具红字专用发票来处理。

参考《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第47号）的规定，购买方取得专用发票已用于申报抵扣的，购买方可在增值税发票管理新系统（以下简称“新系统”）中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》）以下简称《信息表》），在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证。

 安置残疾人就业增值税即征即退优惠政策仅适用于生产销售货物，提供加工、修理修配劳务，以及提供营改增现代服务和生活服务税目（不含文化体育服务和娱乐服务）范围的服务取得的收入之和，占其增值税收入的比例达到50%的纳税人，但不适用于上述纳税人直接销售外购货物（包括商品批发和零售）以及销售委托加工的货物取得的收入。

 参考《中华人民共和国海关进出口货物征税管理办法》规定：

“第五十条纳税义务人在办理出境修理货物的出口申报手续时，应当向海关提交该货物的维修合同（或者含有保修条款的原进口合同）。出境修理货物应当在海关规定的期限内复运进境。

第五十一条纳税义务人在办理出境修理货物复运进境的进口申报手续时，应当向海关提交该货物的原出口报关单和维修合同（或者含有保修条款的原进口合同）、维修发票等单证。

海关按照审定进口货物完税价格的有关规定和海关接受该货物申报复运进境之日适用的计征汇率、税率，审核确定其完税价格、计征进口税款。

因正当理由不能在海关规定期限内将出境修理货物复运进境的，纳税义务人应当在规定期限届满前向海关说明情况，申请延期复运进境。

第五十二条出境修理货物超过海关允许期限复运进境的，海关对其按照一般进口货物的征税管理规定征收进口税款。”

具体办理的相关手续建议您跟海关那边咨询一下。