首先贵公司应先确认一下贵公司是否拥有土地权证,由于租赁期超过20年无效,所以贵公司应该按照实质重于形式原则将该土地确认为无形资产,收回对应的土地不再摊销。
政府占用贵公司土地,相当于收回土地。根据财政部 国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税〔2016〕36号《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》
一、下列项目免征增值税
(三十七)土地所有者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者。
所以贵公司该业务免增值税。
根据国务院令第138号 中华人民共和国土地增值税暂行条例
第八条 有下列情形之一的,免征土地增值税:
(一)纳税人建造普通标准住宅出售,增值额未超过扣除项目金额20%的;
(二)因国家建设需要依法征用、收回的房地产。
贵公司应当终止确认与该土地相关资产计入营业外支出,将政府补偿确认为营业外收入。并入应纳税所得额计算缴纳所得税。