根据财政部 国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税〔2016〕36号第二十九条 适用一般计税方法的纳税人,兼营简易计税方法计税项目、免征增值税项目而无法划分不得抵扣的进项税额,按照下列公式计算不得抵扣的进项税额:
不得抵扣的进项税额=当期无法划分的全部进项税额×(当期简易计税方法计税项目销售额+免征增值税项目销售额)÷当期全部销售额
主管税务机关可以按照上述公式依据年度数据对不得抵扣的进项税额进行清算。
因此,企业工程施工项目既有简易计税工程,也有一般计税工程,不得抵扣的进项税额按月(季)计算,主管税务机关可以按照上述公式依据年度数据对不得抵扣的进项税额进行清算。