根据贵公司提供的资料“公司材料款已付,但材料发票没开来”。
一、贵公司应进行材料估价入库处理,然后按规定结转成本费用。
二、依据国家税务总局《关于企业所得税若干问题的公告》国家税务总局公告2011年第34号六、关于企业提供有效凭证时间问题
企业当年度实际发生的相关成本、费用,由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证,企业在预缴季度所得税时,可暂按账面发生金额进行核算;但在汇算清缴时,应补充提供该成本、费用的有效凭证。
因此,企业所得税预缴时可以扣除未取得发票的支出,但在汇算清缴时,应补充提供该成本、费用的有效凭证。